湖南医药学院临床医学系现开办临床医学、口腔医学、医学影像技术三个专业。临床医学专业中还设有妇幼保健、影像诊断、院前急救、全科医学和超声诊断五个专科选修方向。临床医学专业已有50多年办学历史，口腔医学和医学影像技术是近几年开办的新专业，这三个专业均在省教育厅专业合格评估中评为优良。根据需要，临床医学系下设诊断学、外科基础、口腔医学、医学影像、内科学、外科学、妇产科学、儿科学、传染病学共九个教研室和一个实验实训中心，以及附属医院（怀化市第三人民医院）、怀化市第一人民医院、怀化市第二人民医院、怀化市第五人民医院、贵州黔东南州人民医院、娄底涟源钢铁集团公司职工医院等6个临床教学点，共同负责临床医学系各专业核心课程的教学；设有实习医院50所，全科医学实习点6个（社区卫生服务中心），承担专业见习和实习教学任务。
临床医学系教师力量雄厚，拥有教师157人，其中教授及主任医师32人，副教授及副主任医师64人；享受国务院特殊津贴1人；省优秀中青年专家1人；省劳动模范1人；市科技拔尖人才5人；市“十大杰出青年”2人；博士5人，硕士67人，其余均为本科学历。
临床医学系学术气氛浓厚，教科研成果斐然，近5年获得省级课题21项，市级课题6项，校级课题13项，发表论文178篇；省市科研成果奖20项，其中二等奖4项，三等奖10项，优秀奖6项；有26人次参加了人民卫生、高等教育、北京大学医学等出版社高职高专教材的编写工作，共编写教材和专著26部，其中主编9部，副主编5部，参编12部。
临床医学系秉承实用的原则设计各个专业的人才培养方案，以职业能力培养为中心，课堂教学注重基本知识和基本理论，实践教学保证学生基本技能的熟练和规范，同时着力培养救死扶伤的职业精神。
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