生物技术系的前身是始建于1998年的生物技术中心，2002年8月，制药技术专业（兽药方向）划归生物技术中心，生物技术中心更名为生物技术系，下设生物技术和制药技术2个教研室。现有生物技术及应用（原农业实用生物技术专业，2002年3月被批准为国家级试点专业）与兽药生产与营销（原制药技术专业）两个专业，面向全国招生。2005年5月与新疆农业职业技术学院合作办学，实施“2+1”中西部联合办学模式。现已为社会输送毕业生670名，学生平均就业率为94%。先后为建昌县、阜新市、庄河市等地培训一村一名大学生92名；累计为辽宁省15个贫困县农村科技教育教师培训137人；为行业企业培训人员500多人。
师资力量强。现有专任教师总数达21人，其中，具高级职称以上教师9人，占42.8%；具硕士学位的教师18人，占85.7%；双师素质教师17人，占80.9%；国家高级技能鉴定考评员5名。另外，先后聘请外聘兼职教师48人，按国家规定工作量标准折算后的人数占专任教师比例为26.8%。实现了结构合理、数量充足、群体优化、素质优良，创新精神强、专兼结的双师素质目标。教师获得国家精品课程1门、省级精品课程1门、院级精品课程1门；荣获各种奖项省级3项、院级27项；主编国家“十一·五”高职高专教材2部、中国农业大学出版社“十一·五”高职高专教材3部、校本教材26部。
实验实训条件优越。拥有校内组织培养实训室、药物制剂实训室等各类实验实训室13个，建筑面积1462.3m2，仪器设备总值234.53万元；配有职业氛围的实训基地占地面积9467 m2，设施设备总值约176万元。已与55家企业建立了稳定的校外顶岗实习实训基地，引进1家食用菌企业联合成立辽宁农职院久盛食用菌生物技术开发中心，并设立学生创业教育基地1个。
科技工作成绩斐然。自1997年第一个专业设立以来，有7人被企业聘为经理、工程师或技术顾问，1人被地方政府聘为科普顾问，专业教师年科技服务参与率达90%。先后主持立项研究课题46项。其中，自然课题省级1项、院级30项；教育教学课题国家级2项、省级4项、院级9项；发表了自然科学论文81篇、教育教学论文17篇。
党建工作卓有成效。系党总支始终坚持党建工作不放松，立足学院中心工作和师生实际创造性地开展“三个代表”重要思想实践活动不间断。不仅提升了部门党员素质，加强了自身组织建设，还多次在全院作代表性发言。2003年以来，通过引进社会企业资金、发动师生捐助活动等各种方式，累计筹集资金10.4万元，资助贫困学生达160多人；2004年被学院授予创建国家级优秀校先进集体称号；2006年获辽宁省高等学校先进党总支，为学校基层党组织中的惟一获此殊荣的单位。
