工商管理系（原商业经济系）组建于1987年，是北京财贸职业学院举办学历教育最早的系部之一。工商管理系秉承高职办学指导思想“以服务为宗旨，以就业为导向，走产学研相结合的道路”，其办学理念“为学生提供优质的教育服务产品”，工作要求为“安排要细，管理要严”，系风为“和谐、奋进、扎实”。
工商管理系办学经验丰富，课程体系完善成熟，师资力量雄厚，现有教职员工34人，其中专职教师25人，行政人员9人。专职教师中副教授10人，讲师13人，中高级以上职称占专职教师总数92％，双师型教师23人，占专职教师总数的92％，已形成双师型教师为骨干的师资队伍。工商管理系教学团队获得的市级荣誉称号主要有“北京市教委2008年北京市职业院校专业创新团队--连锁经营管理专业创新团队”、“北京市教委2007年北京市职业院校专业优秀教学团队--商业经营管理专业优秀教学团队”、“北京市优秀教师”--吴崑、“北京市中青年骨干教师（北京市教委市属市管高等学校人才强教计划）”--田志英、吴崑、“北京市优秀青年教师”------平建恒、尹颖汤、崔玉华等。
工商管理系设有四个专业，包括连锁经营专业、工商企业管理专业（被市教委评为特色专业），国际商务专业和市场营销专业。在校高职学生970人。
连锁经营管理专业创建于1996年，是国家级高职高专教学改革试点专业。1998年被国家教育部列为全国教学改革试点专业及北京市教委评估的特色专业，2007年，校内实训基地被评为北京市示范性实训基地。2008年被教育部列为国家示范性高等职业院校重点建设专业。连锁经营管理专业与北京菜市口百货股份有限公司、7-11、易初莲花等首都著名商业企业签订的订单培养班，形成了具有自身特色的产学结合、校企合作的人才培养模式，其中，“菜百黄金销售订单班商学结合教学改革”获2008年北京市教育教学成果二等奖。
国际商务专业由创建于1992年的国际贸易专业转变而来，2002年起招收高职学生，2008年被列为国家级示范性高等职业院校重点建设单位中地方投资支持建设的专业。本专业始终坚持内外贸一体化、商学一体的人才培养模式，为北京市商贸企业国际化培养高技能国际商务人才服务。
