1958年4月,周恩来总理亲自批复成立湖南省属综合性大学——吉首大学。1960年,湖南高校调整,学校保留校名,改为师专。1978年8月,学校升格为省属综合性大学,1979年招收本科学生。2000年8月,吉首卫生学校并入吉首大学。2002年10月,武陵高等专科学校并入吉首大学。2003年,学校获得硕士学位授予权。2004年11月,由地处经济特区综合实力强的教育部直属重点大学,位列985工程、211工程--中山大学对口支援吉首大学。吉首大学2006年6月,湘西州人民医院并入吉首大学[2]。2006年学校本科教学工作水平评估获得优秀。