1958年4月，周恩来总理亲自批复成立湖南省属综合性大学——吉首大学。1960年，湖南高校调整，学校保留校名，改为师专。1978年8月，学校升格为省属综合性大学，1979年招收本科学生。2000年8月，吉首卫生学校并入吉首大学。2002年10月，武陵高等专科学校并入吉首大学。2003年，学校获得硕士学位授予权。2004年11月，由地处经济特区综合实力强的教育部直属重点大学，位列985工程、211工程--中山大学对口支援吉首大学。吉首大学2006年6月，湘西州人民医院并入吉首大学[2]。2006年学校本科教学工作水平评估获得优秀。