学院设有基础医学部、临床医学部、护理学部、药学部、康复医学部、人文与管理学部等12个教学机构，拥有一批在国内外享有盛誉的专业带头人；现已建有40所附属医院、临床医学院、教学医院和临床教学中心，同时共享南京医科大学15所附属医院的教学资源。学院现有专兼职教师2375人，其中副高以上职称880人；自有教职工432人，具有博士、硕士学位的教师占85%以上。
