学院前身云南省华夏中等专业学校始建于1990年，是我国残联系统成立最早的一所国有公办特殊中等职业学校，中国残联名誉主席邓朴方曾亲自推动学校创建，并在建校十周年时题词“办特色学校 育华夏英才”；2003年9月，与云南师范大学职业技术学院联办聋人高职（大专）班，首开云南省高等特殊教育先河；2004年经北京市教委批准，建成北京联合大学特殊教育学院云南基地，联办肢残人、听障人和视障人高职教育；2014年，挂牌成立了“云南开放大学特殊教育学院”，填补了我省残疾人高等职业教育的空白；2017年，云南特殊教育职业学院正式组建；2018年，根据高等教育领域“放管服”改革工作要求与部署，主管部门由原云南省残疾人联合会转为云南省教育厅。