上海民航职业技术学院始源于1980年在民航上海管理局教导队基础上成立的民航上海管理局技工学校。

1985年经上海市批准，在民航上海管理局技工学校基础上成立民航上海中等专业学校,隶属于中国民用航空局，同时保留技工学校（该技工学校于1998年停办）。

2002年，民航上海中等专业学校作为上海交通职业技术学院南校区，开始了为期11年的大专层次学历教育。

2012年5月，在民航上海中等专业学校基础上成立上海民航职业技术学院。学院是一所面向行业，致力于培养具有大专学历层次、培养服务于民航和社会发展所需的一线高素质、高技能型人才的高职院校。