1998年，安徽省常务副省长张平率政府代表团访问澳大利亚，与西澳州政府在珀斯（Perth）签订了科技与教育合作协议，由安徽省科技培训中心与西澳州中央政府理工学院（TAFE）联合成立安徽中澳科技继续教育学院。2000年作为安徽大学的专科教学点开始普通高等教育招生。2003年6月，经安徽省人民政府批准报教育部备案，在安徽省科技培训中心（1984年创办）和安徽省计算中心（1979年创办）的基础上成立安徽中澳科技职业学院。2010年12月，学院顺利通过安徽省教育厅组织的人才培养工作评估。