黑龙江农垦职业学院坐落于北国冰城哈尔滨，是经黑龙江省人民政府批准、国家教育部备案的公办全日制综合性高等职业学院，行政隶属于黑龙江省农垦总局。

学院前身是黑龙江农垦经济学校和黑龙江农垦师范学校两所中专学校，原校址在佳木斯市。黑龙江农垦经济学校成立于1981年，校址在佳木斯；黑龙江农垦师范学校成立于1977年（原名为牡丹江农垦师范学校），原校址在虎林市，1994年师范学校由虎林市搬迁至佳木斯市，更名为黑龙江农垦师范学院。2000年7月，农垦总局从“科教兴垦”的战略全局出发，决定将农垦经济学校和农垦师范学校合并，组建黑龙江农垦职业学院。2000年10月申办工作正式启动，2001年1月6日通过专家评审组评估，2001年3月8日经黑龙江省人民政府批准，教育部备案，黑龙江农垦职业学院伴随着新世纪的钟声正式成立 。

两校合并成立黑龙江农垦职业学院后，为使学院更快发展，经省政府批准，于2003年8月学院由佳木斯市整体搬迁至哈尔滨市江北大学城。2004年1月1日黑龙江农垦卫生学校并入黑龙江农垦职业学院。黑龙江农垦卫生学校是1959年成立的中专学校，原校址在密山市裴德镇，2004年10月份从裴德镇搬迁至现校区。

组建学院以来，学院在办学指导思想、学院发展定位、办学思路、办学理念等方面不断转变、创新、提升，使办学条件全面改善，办学规模稳步扩大，学院人才培养质量、管理水平、社会服务能力和办学效益显著提高，实现了跨越式发展。2006年学院获教育部高职高专人才培养工作水平评估优秀院校的称号。