菏泽医学专科学校创建于1950年冬，其前身是平原省卫生学校，由菏泽专员公署卫生科主办。

1953年，平原省撤消，菏泽地区划归山东省管辖，学校名称改为山东省菏泽初级卫生学校。

1955年下半年，学校由初级卫生学校升为中级卫生学校，学校名称改为山东省菏泽卫生学校。当年12月正式招收初中毕业生，学制三年。

1958年，经山东省人民政府批准，将菏泽卫生学校升格为专科学校，改建为“山东省菏泽地区医学专科学校”，学制五年，医疗专业招收初中起点毕业生，同时也招收中专学生。

1962年，停办大专，改办中专。

1969年，受文化大革命的影响，学校被撤消

1970年，学校恢复招生，并由中专升格为专科学校，命名为菏泽地区医学专科学校，招收二年制工农兵学员。

1973年，改办中专，学校名称为菏泽地区卫生学校。

1978年1月，经国务院批准，菏泽地区卫生学校恢复为专科学校，改名为菏泽医学专科学校，校名沿用至今。