安庆医药高等专科学校前身是安徽省安庆卫生学校。办学历史可以追溯到1943年诞生于抗日烽火中的安徽省“省立立煌高级助产护士职业学校”，是全省最早开办的公立医学教育学校。1945年，开办药剂专业，开安徽省药学教育之先河，易名“安徽省立煌高级医事职业学校”。抗战胜利后，1946年，学校随省政府迁至合肥，改名“安徽省立高级医事职业学校”，因校舍不适用，又迁到安庆，更名“安徽省立安庆高级医事职业学校”。
1952年，定名“安徽省安庆卫生学校”。1958年，经安徽省人民委员会批准，成立安庆医专，与安庆卫校两校一址，对外两块牌子，对内统一管理、统一调配、资源共享、相互依托。1962年安庆医专停办。1966年，受文革冲击，学校停止招生。1972年恢复办学。
1977年，恢复中专统招制度，学校迎来快速发展的新时期。八十年代对大部分校舍设施进行了更新。1990年，全省卫生中专学校办学评估，居全省14所中等卫生学校之首。2000年，安徽省人民政府确定学校为省重点中专学校，2004年国家教育部授予国家级重点中等职业学校。经不懈努力，学校于2007年3月，经国家教育部和安徽省人民政府批准，由安庆卫生学校独立升格为安庆医药高等专科学校，填补了皖西南医药高等教育空白。
