1955年，安徽省合肥卫生学校开始筹建。

1969年1月，安徽省合肥卫生学校下放到巢湖，易名为“安徽省巢湖卫生学校”。

1974年9月5日，成立安徽省卫生干部进修学校。

1978年7月25日，恢复合肥卫生学校。

1990年6月2日，安徽省教育委员会同意我校与省卫生厅合作暂设成人教育大专层次的临床医学、检验两个专业，试行建立省直职工大学医学部。

1992年4月25日，安徽省卫生厅同意成立“安徽省卫生职工培训中心”，挂靠在省卫生干校。

1993年8月31日，安徽省人民政府同意建立“安徽职工医学院”。

1995年10月24日，卫生部科技教育司同意建立“安徽职工医学院”。

1999~2002年与安徽医科大学、蚌埠医学院等普通高校合作举办普通医学高等专科学历教育。

2001年6月26日，安徽省人民政府同意在安徽省合肥卫生学校、安徽省卫生干部进修学校基础上设置安徽卫生职业技术学院。

2002年3月21日，国家教育部同意建立安徽医学高等专科学校。

2003年11月10日，安徽省卫生厅成立安徽省全科医学培训中心，挂靠在安徽医学高等专科学校。